对于百日咳患儿应及早选用抗生素，以清除鼻咽部的百日咳杆菌。如红霉素每日每公斤体重50—100毫克，分2次肌内注射；也可酌情使用复方新诺明或增效联磺片，每次半片，日服2次。
以上抗生素应连续应用7-10天。如使用某一种抗生素5天不见效时，可另换一种，如果同时使用2种抗生素也并不能提高疗效，因此以单用为好。
在应用抗生素过程中，家长应注意观察以便早期发现其不良反应。据法国医学杂志报道，对于痉挛性咳嗽，用其它药物不能控制时，可使用维生素K，可获得很好的疗效。其理论根据虽然不清楚，但治疗效果比较明显。用法是：小于一岁的孩子每日肌内注射20毫克；大于一岁者，每日肌内注射50毫克。
对于病情重的患儿，可使用高价“百日咳免疫球蛋白”肌内注射，每次1毫升，隔日一次，连续用3次。
中成药治疗百日咳也有一定疗效，如”百咳灵”，每岁每交服一片，每日服2—3次，温开水送服；”鹭鸶咳丸”，每次一丸（1.5克），日服2次，用梨汤或温开水送服。另外，在以上药物治疗的同时，还应及时进行隔离，以免发生传染。
